Пролог: Альтернативное Содружество.
ГГ оказывается в альтернативной версии постапокалиптического мира, где нацисты, благодаря технологиям из прошлого и будущего, захватили власть над большей частью мира. Содружество (Commonwealth) теперь находится под контролем нацистского анклава, который использует передовые технологии для подавления сопротивления. Города превращены в укреплённые крепости, а выжившие либо порабощены, либо скрываются в подполье.
ГГ понимает, что его действия в прошлом привели к этой катастрофе. Теперь ему предстоит не только вернуться в своё время, но и исправить временной парадокс, чтобы восстановить оригинальную временную линию.
Акт I: Подполье Содружества.
ГГ находит остатки Сопротивления в Содружестве, которое возглавляют знакомые персонажи из оригинального Fallout 4 — например, Престон Гарви, Ник Валентайн и Пайпер. Однако в этой временной линии они изменились: Престон стал более циничным, Ник Валентайн был модернизирован нацистами и теперь частично контролируется ими, а Пайпер ведёт подпольную газету, которая вдохновляет людей на борьбу.
ГГ узнаёт, что нацисты построили в Содружестве огромную базу, где находится временной портал, который они используют для перемещения между эпохами. Этот портал — ключ к возвращению ГГ в своё время и исправлению временного парадокса.
Акт II: Война за время.
ГГ и Сопротивление начинают серию операций против нацистского анклава. В ходе миссий ГГ сталкивается с новыми врагами: нацистскими роботами, мутантами, созданными с помощью ФЭВ (FEV), и солдатами в усовершенствованной силовой броне. Также выясняется, что нацисты захватили Институт и используют его технологии для создания своей армии синтов-солдат.
ГГ приходится принимать сложные решения: например, уничтожить Институт, чтобы лишить нацистов их технологий, или попытаться захватить его, чтобы использовать его ресурсы для борьбы. Каждый выбор влияет на концовку.
Акт III: Финальная битва.
Финальная часть сюжета приводит ГГ и Сопротивление к штурму нацистской базы, где находится временной портал. Внутри базы их ждут мощные враги, включая лидера нацистского анклава — человека, который знает о временных парадоксах и планирует использовать портал, чтобы окончательно закрепить победу нацистов во всех временных линиях.
В эпической финальной битве ГГ сталкивается с лидером анклава, который оказывается... альтернативной версией самого ГГ из другой временной линии. Этот "Тёмный ГГ" стал союзником нацистов, чтобы спасти свою семью, но в процессе потерял человечность.
Финал: Исправление парадокса.
После победы над "Тёмным ГГ" герой должен принять решение:
Уничтожить портал - Это остановит нацистов, но ГГ навсегда останется в этой временной линии.
Использовать портал, чтобы вернуться в своё время - Это исправит парадокс, но уничтожит альтернативную реальность, включая всех, кого ГГ встретил здесь.
Попытаться восстановить оригинальную временную линию - Это самый сложный путь, требующий жертв и риска, но он может спасти обе реальности.
В зависимости от выбора игрока, финал может быть трагическим, героическим или открытым для продолжения.
Особенности геймплея.
Новые технологии: ГГ может использовать как нацистские технологии (плазменное оружие, роботы), так и восстановленные технологии Института.
Временные аномалии: В мире появляются зоны, где время искажено, и ГГ может столкнуться с врагами или событиями из прошлого или будущего.
Моральный выбор: Игроку придётся принимать решения, которые влияют не только на сюжет, но и на моральный облик ГГ.
Эпические битвы: Крупномасштабные сражения с участием Сопротивления, нацистов и синтов.